出口加工區(qū)在進(jìn)出口貨物之前，應(yīng)向出口加工區(qū)主管海關(guān)申請建立電子賬冊，包括“加工貿(mào)易電子賬冊(H賬冊)”和“企業(yè)設(shè)備電子賬冊”。
1、與境外之間進(jìn)出境貨物的報關(guān)(通常與保稅區(qū)結(jié)合在一起考，作比較)
應(yīng)填寫的是“進(jìn)出境貨物備案清單”，向出口加工區(qū)海關(guān)報關(guān)。
跨關(guān)區(qū)進(jìn)出境的時候，按“轉(zhuǎn)關(guān)運輸”中的直轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)關(guān)方式辦理轉(zhuǎn)關(guān)。對于同一直屬海關(guān)的關(guān)區(qū)內(nèi)進(jìn)出境的出口加工區(qū)貨物，可以按直通式報關(guān)。
(1)境外貨物運入出口加工區(qū)，采用直轉(zhuǎn)的轉(zhuǎn)關(guān)的方式辦理轉(zhuǎn)關(guān)的步驟。
(2)出口加工區(qū)貨物運出境外，采用直通式報關(guān)。
2、出口加工區(qū)與境內(nèi)區(qū)外其他地區(qū)之間進(jìn)出貨物報關(guān)
(1)出口加工區(qū)貨物運往境內(nèi)區(qū)外(出區(qū)進(jìn)入國內(nèi)市場)
其他規(guī)定：
①出口加工區(qū)企業(yè)內(nèi)銷加工制成品，以海關(guān)接受內(nèi)銷申報的同時或大約同時進(jìn)口的相同或類似貨物進(jìn)口成交價格為基礎(chǔ)審查確定完稅價格。
②內(nèi)銷的副產(chǎn)品，以內(nèi)銷價格作為完稅價格，由區(qū)外企業(yè)繳納進(jìn)口關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅，免于交付緩稅利息。屬許可證件管理的，出具有效的進(jìn)口許可證件。
③出口加工區(qū)內(nèi)企業(yè)產(chǎn)生的邊角料、廢品、殘次品等原則上應(yīng)復(fù)運出境。如出區(qū)內(nèi)銷按照對區(qū)外其他加工貿(mào)易貨物內(nèi)銷的相關(guān)規(guī)定辦理：(2010年新增)
A、邊角料、廢品內(nèi)銷，海關(guān)按照報驗狀態(tài)歸類后適用的稅率和審定的價格計征稅款，免予提交許可證件；
B、邊角料、廢品以處置方式銷毀的，或者屬于禁止進(jìn)口的固體廢物需出區(qū)進(jìn)行利用或者處置的，區(qū)內(nèi)企業(yè)持處置單位的“危險廢物經(jīng)營許可證”復(fù)印件以及出口加工區(qū)管委會和所在地地(市)級環(huán)保部門的批準(zhǔn)文件向海關(guān)辦理有關(guān)手續(xù)；
C、對無商業(yè)價值且不屬于禁止進(jìn)口的固體廢物的邊角料和廢品，需運往區(qū)外以處置之外的其他方式銷毀的，應(yīng)憑出口加工區(qū)管委會的批件，向主管海關(guān)辦理出出區(qū)手續(xù)，海關(guān)予以免稅，并免予核驗進(jìn)口許可證件；
D、殘次品出區(qū)內(nèi)銷，按成品征收進(jìn)口關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅，屬于進(jìn)口許可證件管理的，企業(yè)應(yīng)當(dāng)向海關(guān)提交相應(yīng)許可證件；對屬于《法檢目錄》內(nèi)的出區(qū)內(nèi)銷殘次品，須經(jīng)出入境檢驗檢疫機構(gòu)按照國家技術(shù)規(guī)范的強制性要求檢驗合格后，方可內(nèi)銷。
④出口加工區(qū)內(nèi)企業(yè)在需要時，可將有關(guān)模具、半成品運往區(qū)外進(jìn)行加工，由區(qū)外企業(yè)，向加工區(qū)主管海關(guān)繳納貨物應(yīng)征關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)增殖稅等值的保證金或銀行保函后方可處理出區(qū)手續(xù)。加工產(chǎn)品應(yīng)按期，一般為6個月，復(fù)運回加工區(qū)。
⑤出口加工區(qū)區(qū)內(nèi)企業(yè)經(jīng)主管海關(guān)批準(zhǔn)，可在境內(nèi)區(qū)外進(jìn)行產(chǎn)品的測試、檢驗和展示活動。
⑥運往境內(nèi)區(qū)外維修、測試或檢驗的機器、設(shè)備、模具和辦公用品等，不得用于境內(nèi)區(qū)外加工生產(chǎn)和使用。應(yīng)自運出之日起60天內(nèi)運回加工區(qū)。因特殊情況不能如期運回的，區(qū)內(nèi)企業(yè)應(yīng)于期限屆滿前7天內(nèi)，向主管海關(guān)說明情況，并申請延期。申請延期以1次為限，延長期不得超過30天。
⑦運往境內(nèi)區(qū)外維修的機器、設(shè)備、模具和辦公用品等，運回加工區(qū)時，要以海關(guān)能辨認(rèn)其為原物或同一規(guī)格的新零件、配件或附件為限，但更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應(yīng)一并運回加工區(qū)。