海關稽查包括常規稽查、專項稽查和驗證稽查3種方式。

1．常規稽查是指海關根據關區的實際情況，以監督企業進出口活動，提高海關后續管理效能為目標，以中小型企業為重點，采取計劃選取與隨機抽取相結合的方式，對企業開展的全面性稽查。

2．專項稽查是指海關根據關區的實際情況，以查緝企業各類問題，為稅收和防范走私違法活動提供保障為目標，以風險程度較高或政策敏感性較強的企業或行業為重點，采用風險分析、貿易調查等方式，對某些企業或某些商品實施的行業式、重點式、通關式稽查。

3．驗證稽查是指海關以驗證企業守法狀況或貿易安全情況，動態監督企業進出口活動，規范企業內部管理，促進企業守法自律為目標，對申請評為和已評為A類或AA類管理的企業分別開展的準人式、監控式稽查。